세 줄 요약
· 사업인정고시 없이 협의로 공익사업에 땅을 넘긴 경우에도 공익사업용 토지의 양도소득세 감면을 받습니다. 대법원 2026. 9. 3. 선고 2026두30681 판결이 이를 확정하였습니다.
· 감면 조항 첫머리의 「사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)」이라는 괄호는 감면의 요건이 아니라 2년 보유를 거꾸로 세는 기준일을 정한 문구입니다.
· 고시가 없어도 감면되지만 토지보상법이 적용되는 공익사업일 것, 양수인이 그 사업의 시행자일 것, 그 땅이 사업에 필요한 땅일 것은 여전히 증명하셔야 합니다.
이 글이 답하는 물음
1. 협의취득과 수용은 무엇이 다릅니까
2. 사업인정고시는 무엇이고 왜 없는 사업이 있습니까
3. 파주 군용지 사건에서 다툰 금액은 얼마입니까
4. 1심은 왜 세무서의 손을 들어 주었습니까
5. 항소심은 왜 1심을 뒤집었습니까
6. 대법원의 결론은 무엇입니까
7. 대법원이 든 이유는 무엇입니까
8. 지금 넘기면 감면율은 몇 퍼센트입니까
9. 감면에 한도가 있습니까
10. 고시가 없으면 무엇을 따로 증명해야 합니까
11. 감면이 부정된 사례는 어떤 것입니까
12. 2년 보유는 언제부터 셉니까
13. 어떤 서류를 챙겨야 합니까
14. 이미 신고를 마쳤으면 어떻게 합니까
15. 5년이 지나면 되돌릴 수 있습니까
법령 일람
| 법령·조문 | 문언 요지 | 시행일·법률번호 |
| 조세특례제한법 제77조 제1항 | 「해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15(채권 수령분은 100분의 20, 3년 이상 만기보유 특약 시 100분의 35, 5년 이상은 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다」 | 시행 2026. 1. 1. / 법률 제21223호 |
| 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 | 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득」 | 같음 |
| 조세특례제한법 제77조 제1항 제3호 | 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득」 | 같음 |
| 조세특례제한법 제77조 제6항 | 제1항의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다 | 같음 |
| 조세특례제한법 제133조 제2항 | 제77조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을, 5개 과세기간 합계로 3억원을 초과하는 부분은 감면하지 아니한다 | 시행 2026. 1. 1. / 법률 제21223호(2025. 3. 14. 신설분 반영) |
| 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제14조 제1항 | 사업시행자는 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요할 때에는 토지조서와 물건조서를 작성하여야 한다 | 현행 |
| 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조 | 사업시행자는 토지조서와 물건조서를 작성하였을 때에는 보상계획을 공고하고 토지소유자와 관계인에게 통지하여야 한다 | 현행 |
| 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제17조 | 사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다 | 현행 |
| 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 제1항 | 사업시행자는 토지등을 수용하거나 사용하려면 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다 | 현행 |
| 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조 제1항 | 국토교통부장관은 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자 등에게 통지하고 사업의 종류와 수용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다 | 현행 |
| 국세기본법 제45조의2 제1항 | 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다 | 현행 |
인용 판례 일람
| 법원·사건번호 | 선고일 | 쟁점 | 결론 |
| 대법원 2026두30681 | 2026. 9. 3. | 사업인정고시 없는 협의취득에 공익사업용 토지 양도소득세 감면이 적용되는가 | 상고기각(적용 인정, 확정) |
| 서울고등법원 2025누4120 | 2026. 2. 6. | 같은 쟁점의 항소심 | 제1심판결 취소, 경정거부처분 취소 |
| 서울행정법원 2023구단80565 | 2024. 12. 18. | 같은 쟁점의 제1심 | 청구기각(감면요건 엄격해석) |
| 창원지방법원 2024구단12246 | 2025. 8. 20. | 소유자가 먼저 매수를 요청하여 매매로 정리된 토지에 감면이 적용되는가 | 청구기각(감면 부정) |
| 수원고등법원 2021누14277 | 2022. 8. 19. | 지구단위계획 변경의 열람공고를 사업인정고시로 볼 수 있는가 | 항소기각(사업인정고시 아님) |
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군부대가 수십 년째 쓰고 있던 땅에 어느 날 보상계획 공고문이 붙습니다. 담당자가 찾아와 감정평가서를 내놓고 계약서에 도장을 찍자고 합니다. 버텨 봐야 결국 수용될 텐데 시간만 끄는 셈이라는 생각에 서명하고 등기를 넘겨 줍니다.
그런데 양도소득세를 신고하고 몇 달 뒤 세무서에서 답이 옵니다. 공익사업에 땅을 넘긴 것은 맞지만 감면은 해 줄 수 없다는 것입니다. 이유는 하나, 사업인정고시가 없었다는 것입니다. 협의에 순순히 응한 일이 오히려 불리하게 작용한 셈입니다.
이 다툼이 2026년 9월 대법원에서 끝났습니다. 4년을 끌었고, 걸린 세금은 1억 원이었습니다.
협의취득은 도장을 찍고 넘기는 것이고 수용은 재결로 넘어가는 것입니다
공익사업에 땅이 편입되면 사업시행자는 두 갈래로 땅을 확보합니다. 먼저 토지조서와 물건조서를 만들고 보상계획을 공고한 뒤 소유자와 합의하여 매매계약을 맺는 것이 협의취득입니다(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제14조 제1항, 제15조).
합의가 되지 않으면 그때 수용 절차로 넘어갑니다. 협의취득은 겉으로는 사고파는 계약이지만, 응하지 않으면 결국 수용된다는 사정이 뒤에 있어서 소유자가 값을 스스로 정하고 파는 거래와는 성질이 다릅니다.
사업인정고시는 수용의 문을 여는 절차여서 협의로 끝난 사업에는 없는 경우가 많습니다
사업인정은 어떤 사업을 토지를 수용할 수 있는 사업으로 결정하여 사업시행자에게 수용권을 만들어 주는 행위이고, 그 결정을 관보에 올리는 것이 사업인정고시입니다(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 제1항, 제22조 제1항).
협의만으로 땅이 다 모이면 수용 절차로 갈 일이 없으므로 사업인정고시를 받지 않고 사업이 끝납니다. 국방·군사시설 부지 매입, 시설 부지의 부분 매수, 지방자치단체의 소규모 사업에서 자주 그렇습니다.
파주 군용지 3만 5천 제곱미터, 보상금 44억에 감면 1억이 걸려 있었습니다
파주시의 전과 임야 네 필지를 1998년과 2005년에 사들여 보유하던 토지 소유자가 있었습니다. 국방시설본부장은 2022년 3월 국방·군사시설부지 매입사업의 사업시행자로서 이 땅을 포함한 14필지 8만 3,728제곱미터에 대한 보상계획을 공고하였습니다.
토지 소유자는 2022년 5월 대한민국과 손실보상협의계약을 맺고 43억 9,790만 원을 받은 뒤 등기를 넘겼습니다. 양도소득세 13억 8,766만 원을 신고·납부하면서 감면 1억 원을 함께 적용하였습니다.
세무서는 경정청구를 받고 1억 8,237만 원만 돌려주면서 감면 1억 원 부분은 거부하였습니다.
1심은 감면 조항을 엄격하게 읽어 세무서의 손을 들어 주었습니다
서울행정법원 2023구단80565 판결은 2024년 12월 청구를 기각하였습니다. 세금을 깎아 주는 조항은 특혜 규정이므로 문언대로 엄격하게 읽어야 한다는 것이 출발점이었습니다.
그 눈으로 보면 조항 첫머리의 「사업지역에 대한 사업인정고시일」이라는 문구는 그 사업에 사업인정고시가 있었음을 전제로 한 것이 되고, 고시 자체가 없으면 감면 조항이 아예 작동하지 않는다는 결론에 이릅니다.
항소심은 1심 판결을 취소하고 토지 소유자의 손을 들어 주었습니다
서울고등법원 2025누4120 판결은 2026년 2월 1심 판결을 취소하고 경정거부처분을 취소하였습니다. 조세 조항도 법문대로 읽되, 뜻이 분명하지 않으면 입법 취지와 개정 연혁을 함께 보아 읽는 것이 불가피하다는 것이 근거였습니다.
특히 2002년 토지보상법이 만들어지기 전의 옛 조항이 협의취득으로 생긴 양도소득을 감면 대상으로 분명히 적고 있었다는 점, 그 뒤 개정은 법률 통합에 맞추어 문구를 손질한 것일 뿐이라는 점을 들었습니다.
대법원은 2026년 9월 3일 상고를 기각하여 감면을 인정하였습니다
대법원 2026. 9. 3. 선고 2026두30681 판결은 세무서의 상고를 기각하였습니다. 사업인정 전에 협의취득이 이루어진 경우에는 그 뒤에 사업인정고시가 없더라도, 양도일부터 거꾸로 2년 이전에 취득한 땅을 넘겼다면 감면 요건을 채운 것으로 보아야 한다는 것입니다.
같은 사건의 1심·항소심·상고심이 모두 끝나 이 결론은 확정되었습니다.
협의로 땅을 넘기고 감면을 거부당하신 분이시라면 이 판결이 그대로 근거가 되므로, 거부 통지서와 협의계약서를 챙겨 두시면 됩니다.
대법원이 든 첫째 이유는 협의취득이 실질에서 수용과 다르지 않다는 것입니다
대법원 2026두30681 판결은 협의취득될 수 있는 재산권은 어차피 수용될 수 있는 재산권이고, 두 경우의 손실보상이 같은 뿌리에서 나온다고 보았습니다. 협의 과정에도 조서 작성과 보상계획 공고 같은 공법적 규제가 걸려 있습니다.
무엇보다 응하지 않으면 바로 수용된다는 압박 때문에 뜻에 반하여 협의에 응하는 경우가 있다는 점을 들어, 협의취득이 실질적으로 수용과 비슷한 공법적 기능을 한다고 보았습니다.
둘째 이유는 괄호 안의 문구가 요건이 아니라 날짜를 세는 기준이라는 것입니다
감면 조항 첫머리의 괄호는 「사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일」이라고 적혀 있습니다. 대법원 2026두30681 판결은 이 괄호를 2년 보유를 어느 날부터 거꾸로 셀지 정한 시간의 기준으로 읽었습니다.
고시가 있으면 고시일부터, 고시 전에 넘겼으면 넘긴 날부터 센다는 뜻이라는 것입니다. 이것을 「고시가 반드시 있어야 감면한다」로 읽으면 법문에 없는 요건을 새로 만드는 축소해석이 된다고 보았습니다.
셋째 이유는 협조한 사람이 버틴 사람보다 불리해지면 안 된다는 것입니다
고시가 있어야만 감면된다고 하면, 고시 전에 협의에 응한 사람은 감면을 못 받고 끝까지 버티다가 고시 뒤에 수용당한 사람은 감면을 받는 결과가 됩니다. 대법원 2026두30681 판결은 이것을 감면 제도의 취지에 정면으로 어긋나는 뒤집힌 결과로 보았습니다.
세금을 아끼려면 고시가 날 때까지 협의를 거절하라는 신호를 주게 되므로, 공익사업을 원활하게 하려고 만든 조항이 반대로 작동한다는 것입니다.
지금 넘기시는 땅은 10퍼센트가 아니라 15퍼센트를 감면받습니다
예전에는 공익사업용 토지의 양도소득세 감면이 세액의 10퍼센트였습니다. 지금은 15퍼센트입니다. 보상금을 채권으로 받으면 20퍼센트, 그 채권을 3년 이상 만기까지 들고 있기로 특약하면 35퍼센트, 5년 이상이면 45퍼센트까지 올라갑니다(조세특례제한법 제77조 제1항 제1호).
협의가 깨져 수용으로 넘어간 경우에도 감면이 있습니다(조세특례제한법 제77조 제1항 제3호). 다만 공익사업용 토지의 이 감면은 2026년 12월 31일까지 넘긴 것에만 적용됩니다.
올해 안에 보상 협의를 앞두고 계신 분이시라면 계약일과 잔금일이 12월 31일을 넘기지 않도록 일정을 맞추시는 편이 안전합니다.
감면에는 한 해 2억 원, 5년 합계 3억 원의 한도가 있습니다
감면율이 15퍼센트라고 해서 무한정 깎이는 것은 아닙니다. 공익사업용 토지 감면으로 한 과세기간에 깎을 수 있는 세액은 2억 원까지이고, 그 해를 포함한 5개 과세기간을 합하면 3억 원까지입니다(조세특례제한법 제133조 제2항).
한 필지를 쪼개 나누어 팔거나 지분을 나누어 넘겨도 한도를 피하지 못합니다. 나누어 판 뒤 2년 안에 나머지를 같은 사람이나 그 배우자에게 넘기면 한 해에 다 판 것으로 봅니다.
고시가 없어도 감면되지만 협의취득의 외형은 갖추어져 있어야 합니다
대법원 2026두30681 판결이 열어 준 것은 「사업인정고시가 없다」는 사정 하나로 감면을 막을 수 없다는 것까지입니다. 그 사업이 토지보상법이 적용되는 공익사업인지, 땅을 받아 간 쪽이 그 사업의 시행자인지, 그 땅이 실제로 사업에 필요한 땅인지는 여전히 따로 증명하셔야 합니다.
보상 담당자에게서 서류를 받으실 때에는 보상계획 공고문과 토지조서·물건조서 사본을 함께 청구해 두시면 좋습니다.
김해 저수지 사건은 소유자가 먼저 사 달라고 해서 감면이 부정되었습니다
창원지방법원 2024구단12246 판결은 김해시가 농업용수 공급 시설로 쓰던 저수지 부지의 양도에 감면을 인정하지 않았습니다. 토지 소유자가 사용 제한과 낮은 임료에 불만을 품고 먼저 매수를 요청하였고, 감정평가 방식을 두고 국민권익위원회에 민원을 내어 시정권고를 받아 낸 사안이었습니다.
그 결과 매매대금이 2억 2,921만 원에서 4억 7,570만 원으로 올랐습니다. 법원은 김해시가 토지조서와 물건조서를 만들거나 보상계획을 공고하지 않았고 소유자가 자유로운 뜻으로 판 것이라고 보았습니다.
안양 문화공원 사건은 열람공고를 사업인정고시로 볼 수 없다고 보았습니다
수원고등법원 2021누14277 판결은 안양시가 지구단위계획을 바꾸어 토지를 문화공원 용지로 지정한 사안에서 항소를 기각하였습니다. 토지 소유자는 그 변경결정 고시를 사업인정고시로 보아야 한다고 주장하였습니다.
법원은 문제의 공고가 주민과 이해관계인의 의견을 듣기 위한 열람공고에 지나지 않아 사업인정고시로 볼 수 없다고 보았습니다. 도시관리계획 변경이나 지구단위계획 결정은 그 자체로 수용권을 주는 절차가 아닙니다.
2년 보유는 취득일이 아니라 양도일부터 거꾸로 셉니다
감면을 받으려면 양도일부터 거꾸로 2년 이전에 취득한 땅이어야 합니다. 사업인정고시가 있는 사업이면 그 고시일부터 거꾸로 2년을 세고, 고시가 없으면 양도일부터 거꾸로 2년을 셉니다.
보상계획 공고일이나 협의계약 체결일은 이 계산의 기준이 아닙니다. 양도일은 대금을 다 받은 날과 소유권이전등기 접수일 가운데 빠른 날입니다.
보유 기간이 2년에 가까운 경우에는 잔금일을 미루어 기산일을 뒤로 보내는 방법을 검토해 보실 수 있습니다.
챙기실 서류는 넷이고 감면신청서는 따로 내셔야 합니다
첫째는 손실보상협의계약서입니다. 어느 법률의 어느 조항에 따른 계약인지가 계약서 앞머리에 적혀 있습니다. 둘째는 보상계획 공고문이고, 셋째는 토지조서와 물건조서입니다.
넷째는 사업시행자가 발급하는 공익사업용 토지 등 확인서 또는 수용사실확인서입니다. 여기에 세액감면신청서를 양도소득세 신고 때 함께 내셔야 하며, 신청서를 빠뜨리면 감면 요건을 채우고도 다투게 됩니다.
이미 신고를 마치셨다면 5년 안에 경정청구를 하십시오
세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서에 경정청구를 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제1항). 2022년에 넘긴 땅이면 법정신고기한이 2023년 5월 31일이므로 2028년 5월 31일까지 청구가 가능합니다.
세무서가 청구를 거부하면 그 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하시고, 결정을 받은 뒤 다시 90일 안에 행정소송을 내셔야 합니다.
감면을 못 받고 신고를 마치셨다면 오늘 신고서와 협의계약서를 꺼내어 법정신고기한부터 5년이 얼마나 남았는지부터 세십시오.
5년이 지난 사건은 이 판결을 들고 가도 되돌리기 어렵습니다
경정청구 기간 5년이 지난 뒤에는 대법원 판결로 법령 해석이 달라졌다는 사정만으로 다시 청구하기 어렵습니다. 법령 해석이 바뀐 것은 신고 당시에 없던 새로운 사실이 생긴 것이 아니기 때문입니다.
이미 소송으로 다투어 판결이 확정된 경우도 마찬가지입니다. 해석이 달라졌다는 사정은 확정판결을 다시 여는 사유에 들지 않습니다. 결국 시간이 남아 있을 때 움직이는 것 말고는 방법이 없습니다.
실패하는 지점은 셋입니다
첫째는 소유자가 먼저 사 달라고 요청한 경우입니다. 보상 절차 없이 매매로 정리되면 공익사업용 토지 감면의 문이 닫힙니다.
둘째는 토지조서와 물건조서가 아예 만들어지지 않은 경우입니다. 셋째는 사업시행자가 아닌 제3자에게 넘긴 경우로, 시행자 지정 전의 사업자에게 넘긴 것은 요건이 따로 정해져 있습니다.
다음 한 걸음은 협의계약서의 근거 조항을 확인하는 것입니다
협의계약서 앞머리에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 체결한다」는 취지의 문구가 있는지부터 보십시오. 그 문구가 있고 보상계획 공고문이 남아 있으면 사업인정고시가 없더라도 감면을 주장하실 수 있습니다.
보상 협의가 진행 중이신 경우에는 도장을 찍기 전에 감면 요건과 한도를 함께 계산해 두시면 협의 금액을 정하실 때 판단이 달라집니다.
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장재호 변호사 | 로앤강 법률사무소
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